放置しすぎですいません。
Thunderbirdを起動したときに、「警告:これらのフォルダーは最大値を超えました」と言われてウザいので消したいと思い、調べたけど誰も答えを書いてなかったので書いておきます。
そもそもThunderbirdのフォルダの最大値は http://kb.mozillazine.org/Limits_-_Thunderbird#Folders_and_messages によると4Gなのですが、100M超えたくらいでこのメッセージが出ます。
「ツール」→「オプション」→「詳細」の「一般」の「設定エディタ」を開いて、フィルタに foldersize あたり入力し、foldersize.startup.check を false にするとこのチェックをしなくなるので出てこなくなります。ただ、どっかで警告はしてほしいよねと思ったら、そこを false にするかわりに、foldersize.file_too_big.mb のサイズを変更してみるのがいいでしょう。名前の通り単位がMBなので、適当にどうぞ。